研讨所、体系工程研讨所、自动操控研讨所和归纳自动化研讨所。全系稀有千万元的现代化先进试验仪器设备、5000多平方米的国内一流科研环境和国家重点试验室。现有教授副教授40余名，其间博士导师13名，我国工程院院士1名，长江特聘教授1名。
该专业十分重视教育与科研相结合，重视学生立异才能与实践工作才能的培育，坚持用自动化学科范畴研讨的最新效果不断更新教育内容，使学生成为德智体全面开展的高素质、创造性的高技能人才，具有很强的社会竞争才能。
本系培育了大批优异硕士和博士研讨生，遍及国内外研讨机构、企业、和政府部门。现在与美国哈佛、华盛顿、日本庆应、英国曼彻斯特、法国里昂等大学进行长时间协作，与美国微软、德国西门子、日本三菱、欧姆龙和横河等跨国公司进行技能协作，为人才培育和科研建立了杰出沟通环境。近三年共接收博士研讨生141人、硕士研讨生399人；结业博士研讨生70人，硕士研讨生428人。
全系所属各学科在国内第一批取得博士和硕士学位颁发权，是最早同意为按操控科学与工程一级学科颁发博士学位和建有博士后流动站的单位之一。本系在2001年全国高校重点学科评比中，体系工程、模式识别与智能体系两个二级学科别离排名全国第一和第二名，或为国家重点学科。
南京航空航天大学自动化学院前身——航空外表制作、飞机电气设备装置与测验两个专科成立于1952年，开展至今已成为一个在自动操控、导航制导、电力电子与电力传动、航空电源和测控技能与仪器等范畴具有广泛影响、多学科的教育、科研集体。
近年来，教育和科研硕果累累，每年承当国家863.973项目、国家自然科学基金、国防预研项目、航空基金以及省部委下达项目、横向协作项目和各类攻关项目几十项，近两年的年科研经费到款超越2500万元。现在已构成若干有特征、处于国内领先地位或具有世界水平的研讨范畴，屡次取得国家级、省部级教育效果和科研效果奖，在国内航空航天界同行中取得很好的威望。
1981年以来，连续向国外派出访问学者或留学人员160余人，许多留学人员已学成回国，成为科研教育的骨干力量。学院主办过屡次世界和国内学术会议，约请外国专家、教授来校讲学，而且与多所国外大学建立了富有成效的协作关系。
